巴基斯坦位于南亚、西南亚和中亚之间，对美国具有重要的战略地位。1953年副总统尼克松就认识到巴基斯坦在冷战遏制中的重要性，认为它是遏制阿富汗和“北部”缓冲地带 共产党影响、反对苏联的一根楔子。1950和60年代，美国寻求与巴基斯坦结盟以挫败苏联和在该地区的企图，包括在巴设立美国国家安全局的机构，1960年加里鲍尔斯驾驶的U-2 侦察机就是从巴基斯坦的白沙瓦起飞的，它在苏联上空被击落。1979年伊朗发生霍梅尼革命，美国失去了在伊朗的电子侦察基地。巴基斯坦总统齐亚哈克同意与美国进行情报合作，加强美国与他的三军情报局（ISI）的关系。齐亚总统需要在巴基斯坦强硬他的软弱立场和伊斯兰标志。美国的帮助向美国和伊斯兰分子显示了他反共色彩。购买美国的武器设备为他在军中赢得了威信。1979年苏联入侵阿富汗，美国总统卡特宣布巴基斯坦为冷战前沿国家，向巴提供武器为阿富汗的伊斯兰圣战者进行游击战。这种外交政策工具在冷战时期是合适的，但后来却出现了未曾预料的后果，如跨国恐怖主义网络。1989年苏联撤出阿富汗后，美国-巴基斯坦的关系随着伊斯兰激进势力的增长开始降温，原因是巴认为美国在克什米尔问题上偏袒印度，美国觉得巴基斯坦缺乏民主改革，以及伊斯兰堡的核计划。
9/11以后，巴基斯坦成为美国在阿富汗打击恐怖主义的重要伙伴。
苏联入侵阿富汗
苏联入侵阿富汗将卡特总统置于战略尴尬处境。伊朗伊斯兰革命使美国失去了该地区的重要盟友巴拉维总统。人质危机后，他需要止血的外交政策。他担心苏联人可能不久就会进入不冻港并控制波斯湾的能源。1980年卡特在国情咨文中，宣布了卡特教条，誓言保卫波斯湾的领土完整，支持阿富汗的反共运动。齐亚哈克总统领导下的巴基斯坦成为挫败苏联意图的战略盟友。尽管极力倡导人权的卡特总统也批评齐亚的独裁统治，但他发现齐亚是反对苏联扩张的热情盟友。卡特总统获得允许通过巴基斯坦向“阿富汗自由战士”提供武器。齐亚赞同卡特的观点，认为苏联在阿富汗是个威胁，但各有各的算盘。华盛顿将与伊斯兰堡的关系置于全球战略的冷战背景下考虑的，而伊斯兰堡则从对抗印度的地区安全的角度来考虑两国关系。
资金和武器不久就源源不断地从美国和阿拉伯穆斯林世界流向巴基斯坦。这些供应到达卡拉奇时，由巴三军情报局接管并运送到伊斯兰堡附近的仓库，然后再分发到阿富汗边境。
美国利用巴三军情报局作为武器和物质的分配渠道避免自己直接卷入。ISI掌控着向伊斯兰圣战者分发财政援助，提供武器物质供应。给谁，不给谁，给多少都由它说了算，因此，它可以操纵伊斯兰圣战者组织各个派别，削弱了美国中央情报局的影响力。在阿富汗问题上美国虽然有许多冠冕堂皇的推诿理由，但它主动放弃责任不去掌握阿富汗事务的第一手资料，最终造成致命的后果。这一安排为ISI提供了可利用的工具，它操纵国家政权和威吓反对派的政治角色现在被与邪恶的苏联帝国战斗的合法功能所掩盖。ISI负责国内安全、秘密行动以及反印度活动。由于能够与中央情报局交换情报提高了它在国内的地位和影响力。
它越来越独立，开始不负责任，藐视立法和司法审查。ISI的心理战专家发动了一场宣传攻势，声称“伊斯兰处于危险之中”，要“圣战者”，召集忠实信徒与苏联异教徒作战。
ISI分配设备时喜欢信奉伊斯兰教义并遵从ISI作战指导的普什图族人。ISI建立了训练营训练伊斯兰圣战者，有时还参加他们的作战行动以判断哪些派别“有效率”。在齐亚的控制下，ISI具体控制了代理战争，得到了很大的自由和影响力以及美国的援助。美国顾问希望武器分配给精通战事的战士，但ISI倾向于“更有效的”游击队。
ISI成为巴基斯坦主要的权力掮客和第三世界国家最有效的情报机构。随着影响力的增长，它变得越来越富有和有权，开始自行其事。1983年，巴西南部的ISI官员由于截流给伊斯兰圣战者的武器被解职。整个战争期间，中央情报局要处理ISI的腐败问题，因为送到阿富汗的武器被他们截流牟利。ISI的阿富汗局成为巴陆军最富有和有权的部门之激进主义蔓延
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