齐亚总统死后，ISI继续控制阿富汗。它训练克什米尔的异端分子，允许在巴基斯坦的伊斯兰分子在克什米尔实施军事行动，让克什米尔成为新的“吉哈德”，印度人成为异教徒。1990年代，ISI在克什米尔煽动恐怖主义活动。它利用在阿富汗战争中获得的专长来组织、训练和装备“自由战士”渗透到克什米尔。ISI资助克什米尔的圣战者利用低强度冲突迫使与印度达成政治解决方案。1990年，ISI开设了30家训练营训练克什米尔的圣战者。到2002年有128个ISI资助的训练营训练民兵在克什米尔作战。
大约每年有1000名来自Harakat-ul-Mujahideen, Jaish-e-Muhammad (JEM), and Lashkar-e-Taiba (LET)组织的成员接受训练。因为伊斯兰堡认为它在与印度的冲突中缺乏战略纵深，在克什米尔非对称方式牵制住印度军队可以阻止他们在别的地方与巴军交战。华盛顿警告伊斯兰堡ISI继续支持克什米尔的叛乱分子将破坏两国关系。1993年，美国将伊斯兰堡列入恐怖主义观察名单，因为ISI支持克什米尔的叛乱组织，威胁到该地区的稳定。下一步就是正式宣布巴基斯坦为恐怖主义资助国。在美国的压力下，谢里夫总理开始抑制民兵的活动，有时会将他们遣送回阿富汗。在这个时期，本拉登成为克什米尔民兵的资助人。巴基斯坦支持克什米尔的吉哈德分子从根本上改变了斗争的性质。外国的战士受到阿富汗战场的洗礼并由ISI提供给养。2002年在克什米尔25%-50%的恐怖分子为ISI招募的外国战士，而非克什米尔人。伊斯兰堡利用与塔利班的关系使用阿富汗的训练设施训练这些被派望克什米尔的圣战分子。ISI 说服塔利班将基地组织的营地转让给本拉登。虽然巴基斯坦与塔利班结盟是为了获得针对印度的战略纵深，但也为塔利班提供了战略纵深。巴基斯坦不断增加对印控克什米尔的压力，加快进攻的节奏，迫使印度向该地区派出更多的部队，束缚印度的手脚，同时向国际社会提出克什米尔问题。
ISI 向克什米尔增派在巴伊斯兰学校培养和在阿富汗基地组织营地经过训练的克什米尔人。本拉登回到阿富汗之后，ISI通过他的训练营输送民兵前往克什米尔作战。ISI对本拉登的训练营给予补贴，给他家提供通信保障其安全。当谢里夫总理试图与印度改善关系时，ISI与克什米尔民兵的关系受到威胁。他受到了ISI的反对而不是新德里的反对。ISI害怕巴基斯坦与印度贸易的增长会危及在阿富汗和克什米尔的行动。
东非爆炸事件后，美国对在苏丹和阿富汗的与本拉登有关的地点进行报复，美国官员通知巴基斯坦巡航导弹将越过巴的领空。虽然本拉登得以逃脱，但导弹击中了ISI在阿富汗的两个营地，炸死5名ISI军官和20名教员。但ISI对极端分子的支持仍继续甚至发展到了这种程度：
巴基斯坦特工鼓励激进运动内部分裂，部分原因是为了更好地控制他们，但也是为了掩盖他们留下的行动印记。1996年本拉登与ISI代表会面，他反对本拉登的网络与塔利班之间结盟，引起了这两个组织的竞争以便每个组织都想实施更引人注目的行动。另外一个原因是ISI意图分裂阿富汗和克什米尔的圣战组织并且不让普什图人参与克什米尔的行动。
盟友还是利益？
基地组织发动9/11恐怖袭击后，布什总统发起了反恐联盟，美国视巴基斯坦为反恐战争的关键盟友，极力依靠。穆沙拉夫将军收到美国的最后通牒要求帮助美国发动对基地组织的反恐战争并解散塔利班，否则就会成为美国打击的目标。为了自保和自身利益以及避免印度与美国结盟反对他，穆沙拉夫从阿富汗撤出巴基斯坦的军事顾问并命令ISI停止行动。在华盛顿的鼓励下，巴基斯坦从基地组织的支持者变为反恐战争的成员，在打击国内恐怖组织和恢复阿富汗稳定的同时巩固了自己的政权。
ISI成为打击他一手建立的塔利班和基地组织的主要工具。华盛顿将ISI视为抓捕本拉登摧毁塔利班作战行动中的“千里眼和顺风耳”。巴基斯坦向美国提供恐怖主义情报，但一些ISI势力提供不完整或误导的情报信息。 曾经有指责说ISI帮助本拉登和塔利班领导人奥马尔逃脱。穆沙拉夫为了显示自己与美国的合作，禁止巴与塔利班、基地组织和伊斯兰堡赞助的一些旨在帮助塔利班作战或在印控克什米尔实施恐怖活动的组织打交道。
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